牙源性皮瘘的治疗，首先需要查明具体病因，针对病因治疗才是最有效。
牙源性皮瘘主要是由于牙齿化脓性感染而引起的，常见于患有根尖周炎以及智齿冠周炎、牙源性骨髓炎等疾病的患者。
因此，在治疗时首先需要使用药物来控制感染。同时，还需要针对牙齿来进行治疗。如果牙齿有保留的价值可通过根管治疗术来治疗，如果牙齿已经没有了保留价值，通常情况下需要将牙齿拔除。
牙源性皮瘘经过正规有效的治疗后，绝大多数患者都能痊愈，预后良好。