真菌性阴道炎的致病菌是真菌，而细菌性阴道炎的致病菌是细菌。真菌性阴道炎中予以抗生素治疗无效果，可能会加重真菌性阴道炎。在真菌性阴道炎中，以霉菌感染性阴道炎常见。
一般予以口服氟康唑治疗或阴道局部治疗都可以。细菌性阴道炎，可能由一种细菌感染，或多种细菌感染导致的。可能感染原发灶就是阴道，也可能是盆腔等感染导致的。一般予以抗生素治疗，症状会明显缓解。
真菌性阴道炎与细菌性阴道炎，都会引起外阴及阴道的不适症状，会引起白带增多及白带异常。一般异常白带颜色及性状还是有区别的。化验室的检查也可以提示不同的病原体引起，都可以引起阴道的炎症。但因病原体不一样，所以不是一样的。