通心络胶囊是一种含有虫类为药物成分的中药制剂，比如其中有全蝎、水蛭、土鳖虫。但其副作用并不多，在临床应用中，有个别患者可出现胃部的不适感，如食欲不佳、恶心、腹胀、呕吐等。如有这类情况，且症状比较轻微，可注意服用时间上应在饭后服用为宜。如果症状相对比较严重者，要就诊改换其他的药物进行治疗。
另外，也有少数患者可因体质原因，服用通心络胶囊会出现皮肤瘙痒、皮疹、药疹等过敏反应，如果出现这种情况的患者，也要停药就诊。