如果肛周脓肿没有破溃或切开放脓，碘伏对肛周脓肿没有作用。
虽然碘伏具有消毒、灭菌的功能，但它只能针对粘膜组织的细菌有效，能杀灭粘膜组织上的细菌。而肛周脓肿如果没有破溃或切开放脓，表面皮肤完整，碘伏不能接触到粘膜组织，只能杀灭皮肤表面的细菌，对肛周脓肿的治疗不起任何作用。
但如果肛周脓肿破溃或经切开排脓后，脓腔被打开，碘伏能进入到脓腔内与黏膜组织相接触，就能杀灭大部分的细菌，从而对肛周脓肿的治疗有帮助作用。