小儿高热惊厥一般及时对症处理不会有后遗症，也并不会对孩子的生长发育造成影响。
大多数的小儿高热惊厥可在短时间内自行停止，对于孩子的各脏器以及大脑不会造成明显的损伤。但如果是原发病比较严重的患儿出现高热惊厥，则可能会造成后遗症，比如原发病为脑炎、脑膜炎等中枢神经系统感染，则可能会造成癫痫、语言落后、运动异常、智力异常等后遗症。
另外，如果孩子反复出现高热惊厥，则很容易造成脑部损害，从而引起后遗症。不仅可能导致智力减退，少数患儿在后期可能会频繁出现惊厥，甚至在无热或低热的情况下就可产生惊厥，最终诱发癫痫，可使患儿出现运动精神发育迟缓，严重者还可能造成精神发育倒退等。