尿道口流脓往往是有泌尿系感染，出现最常见的感染是尿道炎和前列腺炎。此时应该及早的应用抗生素抗感染治疗，并且尽量在急性期将炎症治愈，以免引起严重的并发症。
在治疗的同时可以留取脓液涂片或行细菌培养，以明确病原体的种类，从而有针对性的使用敏感的抗生素对症治疗。如果尿道口流脓伴有排尿异常的症状，也可以对症用药。
尿道口流脓此时在治疗期间，应该严禁过性生活，以免引起感染的传染。饮食上需要注意清淡饮食，避免辛辣、刺激性的食物，同时需要多喝水，每天保证尿量在2000毫升以上，注意个人的饮食卫生。