肝囊肿手术后一般3~6个月左右复查。肝囊肿手术有多种方式，包括经皮经肝穿刺囊肿液抽取术、介入治疗术、腹腔镜下囊肿开窗术，以及肝脏部分切除术等不同的手术，术后复查的时间略有不同。
目前比较常见的腹腔镜下囊肿开窗术，是通过腹腔镜将囊肿打开一个缺口，使囊肿液自行漏到腹腔内，然后腹腔内的大网膜会逐渐通过该缺口填塞肝囊肿，使肝囊肿内部充满，最后囊肿消失，手术效果较好。但是大网膜生长速度比较慢，复查时间可以略有延长，可以在半年左右复查一次肝脏B超，观察囊肿的变化。
其余的如B超引导下经皮经肝穿刺抽取囊肿液术，这类手术虽然方便，但是有一个缺点，在抽取囊肿液后，囊肿可能会再次生长，且概率偏高，所以这类手术需要在术后3个月就要复查B超。如发现囊肿再次增大，可能需要再次穿刺术或转为其他手术。
其余的介入治疗和肝脏部分切除术，手术方式比较直接，一般也不会复发，可以在术后半年左右复查一次肝脏B超。