咳嗽有黑痰时要根据具体原因选择相应的药物处理。例如煤矿工人可以咳出黑痰，要注意加强防护、戴好口罩，有时可以口服些祛痰药物，例如乙酰半胱氨酸泡腾片，部分早期煤尘肺患者还可以行支气管肺泡灌洗。
咳嗽有黑痰还见于部分肺部感染患者，因肺部感染引起痰中带血或咳血而有咳黑痰，例如细菌性肺炎患者，选择敏感抗生素消炎治疗。肺结核、肺真菌病患者咳黑痰时，也要选择敏感抗感染药物治疗。
对于呼吸道有出血，可以口服些止血药物，例如云南白药胶囊、肾上腺色腙片等止血。对于肺癌患者有时也需要选择相应的抗肿瘤药物治疗。
故因咳嗽有黑痰的原因不同，所选择的药物亦有不同。