有些类型的生殖器畸形影响性功能。男性生殖器畸形有很多种类型，理论上，泌尿生殖系统任何部位都可以发生畸形，有些影响性功能，有些影响生育能力。
生殖器畸形都属于先天性的疾病，主要是由于基因表达异常而引起的。正常男性性冲动的产生是由于睾丸分泌的雄性激素，如果睾丸异常，其分泌的激素减少，从而影响患者的性功能。
男性患有隐睾，尤其是双侧隐睾或者是睾丸缺如等疾病，导致体内雄性激素的含量降低，表现为性欲低下或者完全无性欲，性冷淡等情况，有些甚至引起男性的不育，导致家庭的破裂等情况。