脑脊液生化检查是神经科比较重要的检查，检查的是脑脊液中的糖、氯化物、蛋白质的具体数量。
指标的升高或者降低可以说明患者患有的疾病以及疾病的严重程度，比如糖和氯化物降低，见于各种原因引起的颅内感染性疾病，常见的是结核性脑膜炎和化脓性脑膜炎。糖和氯化物降低的程度与颅内感染的严重程度成正比，其中结核性脑膜炎氯化物的降低是最为明显的。
脑脊液中蛋白含量增加，常见于脑出血、化脓性脑膜炎、颅内和椎管内肿瘤造成梗阻，引起脑脊液循环障碍导致脑脊液中蛋白蓄积从而导致增高。