甲流的预防首先要隔离患者。流行期间不仅要对患者进行有效隔离，也要对公共场所加强通风和空气消毒切断传染链、终止流感流行。流行期间减少大型聚会及集体活动，接触者应戴口罩。目前接种流感病毒疫苗是当今预防流感疾病发生流行的最有效手段。
流感疫苗包括减毒活疫苗和灭活疫苗，至今对于病毒快速有效的解毒方法和准确的解毒标准仍存在许多不确定的因素。
明确或怀疑某部门流感爆发时，对所有非流感患者和未进行疫苗接种的医务人员，可给予金刚烷胺、金刚乙胺或奥司他韦进行预防性治疗，时间持续两周或流感爆发结束后一周。