男性性功能障碍治疗的难易程度，取决于诱发病因。由于情感矛盾、性过程中焦虑、紧张，以及性经验不足等导致的性功能障碍，治疗较为容易。
如果性功能障碍是由于相关不良因素刺激，导致的暂时性功能障碍，通过缓解情感矛盾、保持愉悦心情，以及性经验总结，不需要药物治疗，也可达到男性性功能障碍的治疗目的。
由于性器官发育畸形、性腺体发育缺失等导致的男性性功能障碍，治疗较为困难，需要结合性激素化验、染色体等相关检查。必要时需要手术方式治疗，才能够达到性功能障碍的治疗目的。