阴唇萎缩可能是生理因素、营养障碍性疾病等原因引起。
随着年龄的逐渐增大，特别是到了绝经期卵巢功能下降。由于体内激素发生改变、雌激素骤然下降过快、阴唇发生萎缩，还会伴随阴道壁逐渐变薄、弹性下降等相关反应，是生理性的因素引起。
营养障碍性的疾病多是过于挑食摄入的营养不足，处于营养不良的状态，造成外阴缺乏营养引起外阴病变，比如外阴硬化性苔藓、外阴鳞状上皮增生，造成外阴出现萎缩还可引起瘙痒。此外，个别患者可能是大阴唇的肿瘤引起萎缩，伴有局部异常赘生物长出。