新生儿发生便秘，有可能是消化不良、肠道菌群失调引起。
新生儿由于脾胃虚弱，发育比较薄弱，很容易会引起消化不良。母乳喂养的孩子，如果宝妈饮食吃了过多蛋白质类的汤类，导致奶汁中的蛋白质含量过高，新生儿吃了奶之后，不能消化这些蛋白质，引起消化不良，会导致大便变硬，不易排出。奶粉喂养的宝宝，如果奶粉中的酪蛋白、钙盐含量高，也容易导致出现消化不良，从而引起大便干燥。
此外，如果新生儿肠道的菌群发生紊乱，有一些有害细菌繁殖过多，也可引起出现便秘。多给孩子喝温开水，补充双歧杆菌，调节肠道内的菌群，大多可以得到改善。