食道黏膜异位有一定的可能性会癌变，但是癌变的几率比较小。
食道黏膜异位是一种先天性疾病，和先天发育有关。大部分患者并不会感到任何不适，只有做检查的时候才会发现，这种情况基本上不会恶化，也不会癌变。部分食道黏膜异位可能会出现一些不适，比如吞咽食物疼痛，食道有灼烧感，和胃酸反流有一定的关系，需要适当用药治疗，大部分也不会癌变。
如果食道黏膜异位比较严重，伴随着出血、异位严重的症状，说明食道可能出现了水肿，则需要做个检查，这种严重症状如果持续时间过久，就会对身体产生严重影响，有一定癌变的可能性。