脑型疟疾是疟疾发作的严重类型，其可以出现发热、头痛、恶心、呕吐等感染以及脑膜刺激症状，与流行性乙脑症状存在一定相似性。
两者区别主要在于感染的病原微生物种类不同。脑型疟疾是由与蚊虫叮咬所导致的疟原虫感染，流行性乙脑病原微生物主要为流脑病毒感染。
在临床症状方面，脑型疟疾发热以间歇性发热为主要表现。流行性乙脑发热，如果不服用退热药物，以持续性发热为主要表现。
在治疗用药方面，脑型疟疾以氯喹等抗疟药物为主。流行性乙脑以一般对症治疗、抗炎治疗以及抗病毒治疗为主。