子宫内膜异位症的病因目前仍然不十分清楚。目前，有几种学说认为与子宫内膜异位症的发生有关。
首先，是种植学说，种植学说的理论认为，异位的内膜来源于子宫内膜组织，这些组织转移到宫腔以外的部位，并且种植和生长，常见的传播途径有经血逆流、医源性种植、淋巴传播以及血管传播等等，
其中的经血逆流是最常见的，大家比较公认的学说，主要是认为在经期时妇女的子宫内膜腺上皮和间质细胞可以随经血逆流，经输卵管进入腹腔，种植于卵巢和盆腔腹膜并在该处继续生长和蔓延，形成盆腔的子宫内膜异位证，
其他的子宫内膜异位症的学说包括体腔上皮化生学说、诱导学说以及免疫因素等等，都是与子宫内膜异位症的发展、发生有一定的关系。