肛周潮湿要根据病因，去除诱因治疗。
如果是因为天气过热、局部穿过紧的内裤不透气、长时间坐着，造成肛周出汗潮湿，这种情况不需要特殊的治疗。穿宽松的内裤、脱离高温的环境，就能得到明显好转。如果是肛周湿疹引起的肛周潮湿，可用高锰酸钾局部坐浴、口服抗过敏的药物、局部涂抹激素类的乳膏，促进湿疹痊愈，改善肛门潮湿。
如果是肛瘘引起的肛门潮湿，则需要通过做手术将内口和瘘管切除，促进伤口愈合，改善肛门潮湿。肛周脓肿破溃后引起肛门潮湿，需要尽快做手术，将脓包尽量敞开，促进引流通畅，静脉点滴头孢类的抗生素抗感染治疗，做好消毒和换药，促进伤口愈合。