沙眼衣原体感染治疗包括全身和眼睛的局部药物治疗以及对症治疗。
沙眼患者在病情活动期可以局部使用四环素眼膏、左氧氟沙星滴眼液，全身使用阿奇霉素悬浮剂口服，或者眼睛可以局部使用红霉素眼膏，同时口服四环素抗支原体治疗。但是8岁以下的儿童和孕期妇女是禁用四环素的，以免引起牙齿和骨骼的损害。沙眼患者在病情后期，有并发症的情况下，可以手术矫正倒睫和睑内翻。
沙眼是一种持续时间长的慢性疾病，应该预防和重复治疗需结合进行。