巧克力囊肿是不能自愈的。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种特殊形态，该疾病的特点为痛经，并且会呈进行性加重的趋势。在生育年龄患有巧克力囊肿自愈的可能性是非常小的，可以说几乎是不可能的，除非患者已经绝经或者怀孕，否则只要仍然来月经，巧克力囊肿就会持续存在。
该疾病的主要治疗方案通常为手术治疗，但是在手术后也非常容易复发，也有一些医生主张药物进行治疗，通过药物达到假绝经的目的，让巧克力囊肿不再复发，但是服用药物后患者会出现月经的改变。