肝囊肿的治疗方案需要根据囊肿的大小、数量、位置以及是否造成相应的并发症而定。
一般来说，肝囊肿较小而无症状的患者，一般无需处理，只需定期随访即可，对于囊肿较大压迫症状明显者，主要行囊肿开窗术治疗。
如果囊肿内并发感染、囊内出血、囊液有胆汁者，可行开窗术后置管引流。若病情局限在肝一叶，可考虑做肝叶切除。广泛的多囊肝可做肝移植。
年老体弱或重要器官功能不全者不宜手术。除此之外，如为多囊肝的患者可采用穿刺抽吸和硬化剂治疗，原则上是抽尽囊液，注入无水乙醇，并固定囊肿上皮细胞，注意预防感染，肝左外囊肿才能得到很好的治疗。