龟头长疙瘩最好能去医院检查，先明确病因再决定如何消毒。
1.如果是由于细菌感染导致局部长疙瘩，可以使用碘伏或者高锰酸钾溶液进行局部的清洗消毒。可以抑制细菌繁殖，并且起到杀菌作用，维持局部清洁。
2.如果是由于真菌感染导致局部出现疙瘩，可以使用碳酸氢钠溶液进行局部清洗或者浸泡，浸泡时间大约1~3分钟，每天1~2次即可。
3.如果是由于滴虫感染导致局部长疙瘩，可以使用甲硝唑溶液进行局部消毒和浸泡。可以有效杀灭滴虫，起到治疗作用。
4.如果是由于病毒感染所致，可以使用干扰素凝胶进行局部消毒，有效进行对抗病毒治疗。必要时，需要口服或者静脉输注抗病毒药物辅助治疗。