对于有卵巢巧克力囊肿的女性，由于每个女性的巧克力囊肿大小，以及年龄和生育情况不同，所以其处理治疗的方法就会有一定差异。
如果女性的卵巢巧克力囊肿比较小，而且痛经又不是特别严重，这时可以考虑暂时不做特殊处理。在有生育要求的情况下，就可以尽快备孕、怀孕。在怀孕以后巧克力囊肿就可能自然萎缩变小，甚至完全消失。
但如果女性的巧克力囊肿特别大，已经超过5cm，甚至是出现巧克力囊肿的破裂，多需要行手术将其摘除。