肺脓肿形成的常见原因是吸入性的因素，比如在大量饮酒导致醉酒时或者昏迷的时候，或者有吞咽功能障碍的时候，可能会发生误吸，导致口腔内的定植菌吸入到肺内。从而引起感染，甚至导致脓肿这种现象。
因此，对于肺脓肿的致病菌，常见的是口腔内定植的一些细菌，主要是球菌以及厌氧菌。但是，如果病人体质比较虚弱或者长期住院、长期居住养老院，也有可能是阴性菌感染导致。
此外，肺脓肿也有可能是血行播散，比如金葡菌容易引起血源性的肺脓肿。再比如高毒力的肺炎克雷伯杆菌，有时也可以导致肝脓肿，伴随有肺脓肿这种现象。