口咽癌患者的晚期症状，主要表现为肿瘤破溃感染后出现咽痛，固定于病变侧。也可有舌咽神经反射的耳内痛，如肿瘤侵及咽侧，侵犯翼内肌可出现张口困难。
如肿瘤在扁桃体咽侧壁，向深浸及鼻咽部，可造成一侧耳闷、听力减退；舌根部肿瘤向深部浸润后，可出现伸舌偏斜和发音障碍，且常有唾液带血、口臭、呼吸不畅等。肿瘤逐渐长大后，因阻塞可产生呼吸及吞咽困难。
口咽癌患者通过内镜的检查，可以直观地观察口腔粘膜，以及口咽部粘膜的变化，是否有溃疡、新生物、肿物等表现。