导致龟头生长肉芽小颗粒的病因不同，其治疗也不同，所以不能一概而论。需要先明确病因，再予以针对性治疗。
临床上常见的病因，有珍珠状丘疹和尖锐湿疣等疾病。如果是珍珠状丘疹的表现，可能是由于龟头皮肤卫生较差，在包皮、衣物等慢性摩擦刺激下发生，常无不适症状且可自愈。所以，这类患者仅需要清洁龟头皮肤即可，通常不需要予以药物治疗。
如果是尖锐湿疣的表现，是感染人乳头状病毒感染所致，可通过性接触传染且患者可有疼痛症状。病情可逐渐进展，常不可自愈，所以需要予以局部电灼治疗。