肠镜不能检查出肛瘘。因为肠镜通过肛门检查直肠和结肠的病变，可以检查出结直肠肿瘤、结直肠息肉、肠道炎症性疾病。
肛瘘发生在肛周，包括内口、瘘管和外口，主要通过局部视诊、肛门指诊检查，在肛周可见肛瘘外口为皮肤隆起性肿块，挤压有浓液或血性液溢出。肛门指诊可触及肛管内隆起或凹陷的内口，在内口和外口之间还可触及索条状物-瘘管。
肛瘘还可以配合使用肛门镜检查、探针检查以及做腔内B超和磁共振检查。