肝癌分为原发性肝癌和继发性肝癌。临床研究表明，任何原因的慢性肝病都有可能在原发性肝癌的发生和发展的过程中起到重要作用。
最常见的致病原因为各种类型的肝炎和肝硬化，其次是黄曲霉毒素以及亚硝胺导致的肝损害，它们都可导致肝细胞变性坏死，造成肝脏的癌变。另外，寄生虫的感染、营养不良、长期饮酒和遗传，都与肝癌的发生有一定的关系。
除此之外，肝癌还可继发于各种类型的癌症，如胃肠道的恶性肿瘤、肾脏的恶性肿瘤、肺部的恶性肿瘤等等。