灰指甲是属于真菌感染，所以最怕的抗真菌类药物。
灰指甲真菌分红毛癣菌、表皮癣菌、白毛癣菌、念珠菌的感染。一般口服抗真菌的药物可以治疗灰指甲，最常用的是伊曲康唑胶囊、特比萘芬片等，治疗的时间需要3~4个月为1个疗程，定期复诊。
局部可以外用30%的冰醋酸、阿莫罗芬搽剂，使用冰醋酸的时候不要涂到周围正常的皮肤上面，以免损伤皮肤。同时如果手指或者足趾皮肤上面合并有真菌感染，可以外用抗真菌的药膏，如联苯苄唑乳膏或者特比萘芬乳膏。