扁平疣选择激光治疗，有可能会留下疤痕。如果激光烧灼的程度较深，就有可能会导致局部留下明显的增生或者凹陷。
建议选择激光治疗之后，可以在皮肤表面涂抹重组人表皮生长因子凝胶，促进局部愈合。在皮肤愈合之后，将外用药物更换为类人胶原蛋白疤痕修复硅凝胶，来减少纤维组织排列混乱的情况，可以达到一定的治疗作用，可以减少留疤的概率。
建议在激光治疗好之后，在皮肤表面适量的使用一些重组人干扰素凝胶，这种药物属于抗病毒类的药物，能够降低疾病反复发作的概率。