内分泌科主要是诊治一些与内分泌以及代谢相关的一些疾病，最常见的就是糖尿病，包括1型糖尿病、2型糖尿病、妊娠期糖尿病和其他类型的糖尿病以及甲状腺相关性疾病。
其次，还包括一些下丘脑垂体的病变，包括出现尿崩症、生长激素缺乏症或者是生长激素过多，以及泌乳素过多产生的泌乳素瘤。还包括一些性腺发育障碍的疾病，包括排卵障碍以及第二性征不发育、男性女性化，还包括肥胖、骨质疏松、佝偻病。
一些与钙磷代谢有关的疾病也属于内分泌系统，包括甲状旁腺功能亢进症、甲状旁腺功能减退症以及巴特综合征、Turner综合征。还有一些与肾上腺、肾上腺皮质有关的一些疾病，包括肾素、醛固酮分泌异常以及嗜铬细胞瘤、皮质醇增多症，都属于内分泌系统的疾病。