支原体和衣原体的区别有几种，主要是病原体属于不同的病原微生物。
如患者感染支原体和衣原体以后，可以引起支原体肺炎或衣原体肺炎，支原体能够独立生存繁殖，感染时并不寄生在细胞内,而衣原体专性细胞内寄生，在细胞外无法进行自身的代谢。
这两种细菌感染的部位不同，支原体感染主要影响感染肺部的正常功能，会引起支原体肺炎，导致出现呼吸困难、咳嗽、发烧、咳痰等症状。而衣原体的感染主要会感染泌尿道的黏膜，导致出现泌尿道疼痛瘙痒，严重的时候导致出现流脓等症状，可以通过性生活进行传播。