尿路真菌感染和尿路细菌感染不一样，两者的致病菌种类不一样，治疗药物和疗程也不一样。
尿路真菌感染是由各种真菌引起的，常见的有隐球菌、曲霉菌等，针对不同的真菌选择敏感药物抗真菌治疗。而尿路细菌感染则是由于各种细菌感染引起，其中革兰氏阴性菌多见，可先经验性选用三代头孢菌素类抗生素治疗，再结合尿细菌培养及药敏结果调整用药。
一般情况下尿路真菌感染较细菌感染较少，治疗疗程较长，但是两者的临床症状相似，均可出现尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，发热等。治疗期间患者均需要禁忌进食辛辣刺激性的食物，避免加重病情，多饮水增加尿量，促进疾病康复。