表皮囊肿可以根治，根治的方法一般是选择手术切除。
表皮囊肿是一种慢性发展性疾病，有可能是毛囊炎发展而来，也有可能是因为皮肤创伤感染引起。因此，皮肤有创伤时，一定要注意抗感染，保持皮肤的清洁。表皮囊肿一部分原因也可能是因为胚胎发育时期出现中外胚层细胞移位，生长发育过程中表皮在真皮层内。
如果没有出现不适的症状，密切观察，减少诱发因素，比如不要吃高热量、高脂肪的食物；保持皮肤的清洁；保持充足的睡眠；避免情绪过度紧张；适当地增加体育锻炼，促进新陈代谢。