打完预防针后肩膀疼痛，要考虑是以下原因：
1.如果医生在注射疫苗的时候动作较快，可能会刺激到局部皮肤，从而导致肩膀疼痛，大概过2~3天症状就会逐渐地消失。
2.个人体质原因。部分人对于疫苗的药效会有不良反应，大概1周内疼痛会逐渐地消失。
3.疾病因素。如果长期反复出现肩膀疼痛，也需要考虑是颈椎疾病造成的，可以通过对颈椎方面的检查进行确诊。
建议注射完疫苗后要在医院观察半个小时，回家后要保持局部干燥卫生，避免揉搓、按压注射部位。