最常见的Ⅱ型肾小管性酸中毒对电解质的影响，是会出现除阴离子间隙正常的高氯性代谢性酸中毒外，还会伴随严重的低钙血症。另外，患者还会出现低钾血症。对于Ⅱ型肾小管酸中毒最严重的电解质紊乱，就是上述的低钾、低钙和高氯血症。
对于这种患者在进行血液生化检查时，就会有明显的患者的血液PH 值显著下降。另外，钾离子的明显降低，钙离子的明显降低和氯离子的显著升高都可以进行Ⅱ型肾小管性酸中毒的诊断。
除了上述辅助检查的诊断外，还可以通过放射线、骨密度来进行辅助诊断。另外，还可根据患者的一些临床症状，例如儿童常见有佝偻病、发育迟缓、智力下降等因素。