含牙囊肿不可以先做矫正。含牙囊肿是在未萌出的牙齿颈部附着囊肿，囊肿包着牙齿的牙冠，X线片可以看到牙冠周围有一圈环绕的透射影像，边界清楚。含牙囊肿如果需要做牙齿矫正的时候，需要先去除囊肿，再进行矫正治疗。
去除含牙囊肿可采用开窗减压或囊肿刮除术。开窗减压术是在囊壁骨质最薄处打开囊腔，制作塞治剂，使囊腔内的压力减小、囊液可及时排出，促进颌骨的愈合，但所需时间较久。
囊肿刮除术即在麻醉下切开黏膜，暴露颌骨内的囊肿，将囊肿摘除，可使用液氮冷冻或使用磨钻打磨囊壁进行未完整剥离囊壁区的清理，防止囊肿的复发。