龟头隐隐作痛的常见原因有两种情况：
1.龟头皮肤挫伤。多发生于性生活过激或性生活时间过长的人群，是可以自愈的，通常不需要特殊治疗，仅需要暂时禁止进行性生活即可。
2.龟头炎。在发生龟头炎的早期，可表现为龟头皮肤发红、隐隐作痛，多发生于不注意个人卫生、包皮过长或者有不洁性生活史的人群。需要及时予以金霉素软膏等消炎药物治疗，否则病情可能会进一步加重。
除了上述可能原因以外，有些患者龟头皮肤无异常表现，且无其他伴随的不适症状，且疼痛症状持续时间很短，仅有数秒的时间即可自行缓解。可能是神经性疼痛，可不予以治疗。