胃窦炎的治疗主要通过以下三方面来完成：
首先，去除病因。如果胃窦炎是由幽门螺杆菌感染引起的，可以使用四联疗法。即一种质子泵抑制剂加两种抗生素加一种铋剂，一般至少需要两周时间。另外，如果出现胃黏膜糜烂的情况，此时可以选用抑酸剂，如铝碳酸镁制剂，同时也可以使用胃黏膜保护剂，如铋剂、硫糖铝等。
其次，缓解消化不良的症状。可以选择促胃肠动力药，如多潘立酮、莫沙必利等。当然，可选择胃黏膜保护剂，如米索前列醇、质子泵抑制剂等。
对于胃窦炎也可以在医生的指导下选择中医治疗，主要是选择一些中成药，如胃康胶囊、三九胃泰颗粒。也可以适当地配合艾灸、针灸等方式。