小肠过敏性紫癜的具体病因，目前还没有一个明确的说法，大多数学者认为是自身免疫性疾病，可能是机体对于某些特定的物质产生的变态反应，从而使得毛细血管壁的通透性增高。
具体是哪种物质引起的致敏反应，一般很难确定，包括但不限于各种感染，包括病毒、细菌或者寄生虫感染，各种药物以及食物如鱼、虾、蟹、牛奶、鸡蛋等，少数患者由于寒冷、注射疫苗以及花粉吸入，都可以出现小肠过敏性质紫癜病。每个年龄段的人都可以发病，但该病大多发生于2~7岁的男性儿童。