上厕所肛门疼可能是以下原因：
1.肛裂。这类患者主要表现为排便的时候肛门疼痛明显，特别是大便干燥时，会导致肛门疼痛像刀割一样，排便时有鲜红色的血流出来。
2.肛周脓肿。这是化脓性的炎性疾病，会导致肛门局部出现炎症反应，疼痛剧烈，还会引起发烧。上厕所时由于局部的组织受到牵拉会加重疼痛感。
3.肛窦炎也会造成肛门局部疼痛。由于炎症刺激所致，上厕所时会加重疼痛。
4.排除上述原因。也考虑与肛乳头瘤压迫神经引起的疼痛，排便时也会加重疼痛，可伴有便鲜血。