巧克力囊肿之所以引起不孕，主要是三方面的原因导致：
第一，巧克力囊肿会影响卵巢功能并且会破坏卵巢的正常结构，可以使得卵子的数目减少，从而引起生育能力下降，甚至不孕不育。
第二，巧克力囊肿有可能使得卵巢以及输卵管与周围的组织发生粘连，这样就会引起排卵障碍或者卵巢虽然能排卵，但是因为输卵管比较僵硬、蠕动功能减弱，没有办法起到运输卵子的作用，所以也没有办法受孕。
第三，巧克力囊肿会引起女性体内免疫系统失调，身体会产生对精子有伤害的物质，所以也会导致不孕。