单纯性肾囊肿主要是依靠B超或者CT来确诊，偶尔也可以做一些核磁、囊肿穿刺，或者囊液检查等。
B超：为该病的首选检查方法，通过B超，可以观察到患者在病变区域内无回声，而且囊壁较为光滑，边界也清晰可见。如果与以上叙述相反，有可能出现恶性病变。
CT：检查是通常在B超不能够完全确诊时，一般当患者患有出血或者感染时，CT可以表现出不均匀性，CT值会出现增加。
囊肿穿刺或者囊液检查：通常是在B超、CT不能完全确诊的情况下，可在B超的引导下进行囊肿穿刺，然后抽取囊肿内的液体，进行化验检查。