儿童软疣初期不难治疗。软疣具有一定的传染性，大多发生免疫功能低下的人群。如果初期软疣体较小，可以用药膏外涂，例如咪喹莫德乳膏、医用疣状液等。
也可以选择疣体夹除术，前往医院皮肤科经过正规消毒后，用血管钳将软疣夹破，把疣体内的内容物挤出，再用碘伏类的药物消毒预防细菌感染。如果比较多，可采用激光或冷冻的方式去除，经过上述的方式可以治好。
在治疗期间，要避免孩子用手抓挠疣体部位，否则容易造成感染。