单纯麻疹病毒感染，留有后遗症情况很少，重型麻疹可以并发麻疹性脑炎。
严重的麻疹性脑炎，会导致神经系统损伤留下后遗症，导致患儿出现智力障碍、偏瘫、语言障碍、耳聋等严重情况。重型麻疹，还可以合并病毒性心肌炎、心包炎，可能导致留下心力衰竭、心律失常、心脏扩大、心包粘连等严重后遗症。
重型麻疹还可能合并亚急性、硬化性全脑炎，为致死性、慢性、进行性、脑退行性病变。开始为智力及情绪改变，随后出现阵挛性肌肉抽搐，最后呈现四肢僵直、角弓反张状态。