先天性心脏病治疗分为内科治疗、介入治疗或外科手术治疗。一般内科治疗是指给予药物改善心脏功能、减轻心脏负荷等治疗，这种治疗下分为对症和对因治疗。
对症治疗后只是缓解当时症状，后期有可能还会再次发生。如果是对因治疗，病因根治后，则后期就不涉及到复发问题。所以临床上往往更重在追查患者病因。
其次就是介入治疗、手术治疗，通常为解决患儿心脏结构异常，导致先天性心脏病采取的治疗手段，一般治疗后不会复发。但是还存在着症状并不一定完全消除，因为早期的先天性心脏病，比如室缺或者房缺，进行及时纠正之后，通常不会有后遗症。