男性患者龟头上长有肉刺时，其治疗上需要根据具体的疾病来决定。
如果是龟头珍珠样丘疹所引起的，这种情况下可以暂时不予以治疗，因为珍珠样丘疹是良性疾病，对患者的日常生活及性生活均无明显的影响，而且部分患者可自愈。但也有些患者因为龟头上长有珍珠样丘疹而出现自卑、焦虑的心理障碍，此时也可行局部激光治疗，尽早消除龟头上的肉刺。
如果是由于龟头尖锐湿疣所引起的，需要禁止进行性生活，并立即予以对症治疗。可选用三氯乙酸涂抹局部，同时对龟头上的肉刺进行冷冻或电灼治疗，生活中患者需要禁忌辛辣、刺激性的食物。