慢性肾炎主要与以下疾病相鉴别：
1.慢性肾盂肾炎，一般慢性肾盂肾炎的患者会有膀胱刺激症表现。同时患者还会存在一定的诱因，例如尿路结石、尿路肿瘤等因素，通过影像学可以发现慢性肾盂肾炎患者的肾脏变小，但是患者的肾脏大小不等。而慢性肾炎患者的肾脏虽然也会缩小，但是肾脏缩小程度相等。
2.慢性间质性肾炎，该类疾病的患者与慢性肾炎患者可有明显不同，一般慢性间质性肾炎的患者，在早期会导致肾小管发生损伤，晚期可累及到肾小球。
3.如果慢性肾炎出现急性发作时，还要与急性肾炎的患者相鉴别，最主要的区别就是慢性肾炎患者会出现贫血表现，而急性肾炎患者不会出现。