脑脓肿的细菌来源，源于创伤性的细菌感染、邻近组织的细菌感染、血液途径细菌播散感染，以及隐匿性细菌感染所致。脑脓肿的细菌感染常见的包括金黄色葡萄球菌、链球菌、大肠杆菌、变形杆菌等。
其中邻近组织，如鼻源性、耳源性细菌感染，及创伤性细菌感染所占的比例较高。创伤性因素引起脑脓肿的致病菌，多为金黄色葡萄球菌。邻近组织感染引起脑脓肿的致病菌，多为链球菌、变形杆菌等。血源性感染的致病菌，多为金黄色葡萄球菌。
随着对脑脓肿病因的重视以及抗生素的规范化使用，隐匿性感染引起脑脓肿的发病率逐渐上升，其致病菌主要包括链球菌、葡萄球菌等。