肛管直肠恶性黑色素瘤容易被误诊为痔疮、息肉或直肠癌，特别是某些无色素的恶性黑色素瘤，更易被误诊。凡有大便出血、大便习惯改变，或肛门有肿物者，应高度警惕，认真检查。
因本病70～90%位于齿线和肛管，50～70%含有色素，所以直肠指检和直肠镜检查对诊断有着极为重要的作用。对于有可疑的病变，应行组织活检。病理检查时要求将肿瘤完整而彻底地切除，以避免造成医源性的扩散。因部分肛管恶性黑色素瘤细胞浆不含色素颗粒，因此对肛管区肿瘤组织检查时应行多巴染色、酪氨酸反应，以提高诊断率。